En caso de que éste proceso se retrase por más de 6 horas, el grano, y posteriormente la bebida, pueden presentar el defecto en taza denominado fermento. Este defecto también se presenta cuando hay presencia de frutos sin despulpar y de pulpa adherida al pergamino o en la medida que aumenta el porcentaje de grano sobremaduro en el café cosechado.
Posteriormente se retira el mucílago (mesocarpio) por medio de la fermentación del grano en tanques de fermentación o por medios mecánicos. La fermentación puede durar de 12 a 18 horas, dependiendo de las siguientes variables:
La temperatura del lugar: el mayor tiempo de la fermentación se requiere en las zonas más frías.
La altura de la masa de café en el tanque de fermentación: a mayor altura de la capa de café, es menor el tiempo de fermentación.
El uso de agua: se recomienda la fermentación en seco ya que acelera la fermentación y se debe permitir que las aguas mieles salgan al exterior del tanque.
El grado de madurez del café.
La cantidad de mucílago en el grano.
Por ser el tiempo de fermentación un factor definitivo en la calidad del café, es necesario realizar muestreos periódicos de la masa de café en el tanque de fermentación, para determinar el punto óptimo antes de iniciar el proceso de lavado final del grano. Si el café se sobre-fermenta, se mancha, pierde peso, se avinagra la almendra y se afecta irremediablemente la calidad.